据悉，巴氏染色是细胞学的唯一正规染色法。巴氏染色并不很普及，建议采用统一的巴氏染色液，有利于交流和统一标准，同时也建议厂商开发成品化生产巴氏染液，以适应医疗单位的需求。人体的细胞是透明的，本来没有颜色，尤其是胞质非常透明。在核被染上苏木精色以后，可以透过胞质清晰的显示核的结构，而胞质也可着上一层淡淡的鲜艳的颜色，并不影响对核的观察。细胞着色的原理，至今尚无很好的解释，只是推断与理化或触媒作用有关。生物化学可能是因素之一。含碱性根（K,Na等）的染色剂易于使胞质着色，如伊红、EA36等，被称为酸性色；含酸性根（O-,S-）的染色剂易于使细胞核着色，如苏木精、瑞氏染色剂等称为碱性色。细胞周围环境的酸碱度也可能与着色有关：偏碱，细胞内带正电离子(NH3)就增加，可使酸性着色较重；在偏碱环境时，细胞内带负电荷的离子（COO=）增加，可使碱性着色明显。

  细胞膜是一种具有高度选择性的半透膜，可通过细胞内外渗透压差，使染色剂进入细胞内，也可有吞饮作用，允入染色剂。细胞膜内有蛋白质分子形成运转管道，沟通细胞膜与细胞质。核膜的结构显示核膜上有许多小孔，称为核孔，为物质交换通道。这些通道的存在为生物染色剂进入细胞内或核内打开了方便之门。
  巴氏染色是诊断细胞学的很好的染色方法，具有迄今为止任何其他染色方法无法相比的优点：细胞核细微结构清晰，能辨认染色质的模式；细胞质透明多彩；显示细胞分化程度，因此，巴氏染色是细胞学中最经典、最重要的基本染色方法。
巴氏染色的主要优点：
清楚显示细胞核(Definition of nuclear detail)的结构及其染色质模式；
胞浆透明(Cytoplasmic transparency)与核的染色形成反差，对比度好；
显示细胞的分化(Cell differentiation)，呈现细胞从强嗜碱性到强嗜酸性的各个阶段的多种色谱的着色，易于辨认细胞的分化程度。
除上述特点外，巴氏染色还具有：
着色度牢靠，不易掉色，有利于细胞涂片的长期保存；
由于CCD摄像头对红色过度敏感，HE片在拍照时红色过度显示，影响对细胞的观察，也不利于图像的发表，而巴氏染色下的胞浆绿色则无此表现；
缩短看片时间，巴氏染色下的细胞质着色有着高度角化细胞的特殊颜色：橘黄色、橘红色和深伊红色，大多数低级别病变的问题细胞有着这些颜色，在低倍镜观察时能较容易发现这些问题细胞，故能缩短看片时间。